某日,感情融洽的冬树与Keroro一起外出购买钢普拉。不料在回家的路上,误闯一间神秘小庙。冬树对这个古文明遗址感到兴奋不已的同时,Keroro却不小心打破了一个壶状物体。顿时萌生不祥预感的两人,匆促慌张地掉头跑回家。不久,Keroro和冬树脸上浮现“╳”印记。随着时间流逝,周遭的人们也开始在脸上浮现“╳”印记。这些有印记的人,仿佛拥有念力,能够随心所欲地让其他人也浮现“╳”印记。这项不可思议却很方便的能力深受人类喜爱,转眼间就扩散开来。这时候,现身的外星人Mirara表示,“╳”印记是一个名为Kiruru的古代武器,它会吸收人类的负面能量,毁灭地球。但是由于“╳”印记并未带来不好的影响,冬树和Keroro小队并未将这句话放在心上。稍后,Kiruru开始巨大化,“╳”印记也开始散播负面能量。人类对此感到恐慌,进而不相信身边任何人。于是Keroro打算利用这股念力,展开侵略地球大作战。吸收人类负面能量的Kiruru,体型逐渐变得巨大,并且开始破坏街道。对这一切感到无力的人类,只能眼睁睁的看着一切被破坏殆尽。这样下去,人类是否会灭亡呢?